一、電滲析是利用電能來遷移離子在分離的，當水中含鹽量較低時，水的電阻率就較高，此時電滲析器的極限電流值也較小，電滲析運行易于產生極化。因此一般認為水中含鹽量小于10－50mg/L。不像離子交換法可以深度除鹽，獲得超純水；
二、電滲析對離解度小的鹽類和不離解的物質難以去除，例如對水中的硅酸就不能去年，對碳酸根的遷移率就小一些，對不離解的有機物就去除不掉。不像離子交換法可以去除硅酸鹽，不像反滲透去除物質的范圍要廣泛得多；
三、某些高價金屬離子和有機物會污染離子交換膜，降低除鹽效率。
四、電滲析器是由幾十到幾百張極薄的隔板和膜組成，部件多，組裝較繁，一個部件局部出問題即要影響到整體。
五、電滲析是使水流在電場中渡過，當施加到一定電壓后，靠近膜面的水的清水啟動中，電解質的含量變得極小，從而水的離解度增大，易產生極化、結垢和中性擾亂現象，這是電滲析運行中較難掌握又必須重視的問題。